Cikal bakal berdirinya Pusat Kajian Gender dan Seksualitas FISIP UI diawali dengan program kolaborasi antara Laboratorium Antropologi FISIP UI dan Unit Studi Gender dan Pembangunan FISIP UI pada tahun 1998 – 2001. Program tersebut adalah kursus Gender dan Seksualitas bagi peneliti, aktivis, staf LSM dan staf instansi pemerintah. Program ini dikembangkan karena dimensi seksualitas masih kurang diperhatikan dalam isu-isu gender dan kesehatan reproduksi pada saat itu. Kursus dilakukan setahun 2 kali. Program ini didukung penuh oleh Ford Foundation. Program pelatihan ini kemudian diperpanjang hingga tahun 2004. Setelah program berakhir, muncul gagasan agar dijadikan sebuah pusat kajian yang berfokus pada penelitian, advokasi dan publikasi tentang isu gender dan seksualitas. Selanjutnya Pusat Kajian Gender dan Seksualitas berdiri di bawah FISIP UI.
Pada tahun 2009, pimpinan Universitas Indonesia melakukan penataan terhadap beragam pusat kajian/riset yang ada di seluruh UI dengan mengeluarkan Keputusan Rektor Universitas Indonesia nomor 1320/SK/R/UI/2009 tentang Pusat Riset di Universitas Indonesia. Berdasarkan verifikasi, Pusat Kajian Gender dan Seksualitas disahkan sebagai salah pusat riset di bawah FISIP UI. Pada tanggal 7 Januari 2014 terjadi kebakaran yang memusnahkan Gedung C FISIP UI. Sekretariat Pusat Kajian Gender dan Seksualitas yang terletak di lantai 3 turut musnah. Koleksi perpustakaan, dokumen kegiatan, dokumen keuangan, komputer serta sarana dan prasarana lainnya tidak dapat diselamatkan. Dengan dukungan dari salah satu mitra penelitian di Australia, kami melengkapi ruang sekretariat sementara dengan perangkat komputer agar kegiatan yang sedang berjalan dapat berlangsung.
Bulan Oktober 2018, dengan adanya peraturan baru dari Rektor UI tentang Unit Kerja Khusus, diterbitkanlah SK Dekan FISIP UI yang mengintegrasikan hampir seluruh pusat kajian yang ada di FISIP UI ke dalam Lembaga Penelitian dan Pengembangan Sosial Politik (LPPSP). Pusat Kajian Gender dan Seksualitas menjadi salah satu unit di bawah lembaga baru tersebut. Tahun 2024, kami menempati ruang sekretariat yang baru yaitu Selasar Gedung Koentjaraningrat FISIP UI.
